2006 yılı Kültepe kazılan, son yıllarda olduğu gibi, ağırlıklı olarak "Karum" alanında gerçekleştirildi. Bu arada, 2007 yılı kazı mevsimi için planlanan Höyük çalışmalarının ön hazırlıkları yapıldı.
Karum alanındaki kazılar iki ayrı açmada yürütüldü. Mevsim başlangıcında 2005 yılında açığa çıkartılan kerpiç merdivenli Ib katı evinin kuzeye doğru gelişimini izlemek üzere 20x5 m. boyutlarında yapılan genişleme ile, odanın planı tamamlandı. Tabandan itibaren yükselen ve iyi korunmuş taş duvarların alt kısmına dayandırılmış kapaklı vazolar, bunların önünde taban üzerine istiflenmiş, çanak, yuvarlak ağızlı testi gibi orta ve küçük boylu seramik oldukça hırpalanmış durumda bulundu. Bu odanın diğer bir özelliği de kuzey-doğu köşesine yerleştirilen iki değirmen taşı ve önlerine yerleştirilmiş iki kapaklı vazonun in-situ konumunda açığa çıkarılmasındadır. Burada önemli ölçüde tahıl ve tuz işlenmiş olmalıdır. Bu ve komşusu evin kuzeyinde, kuzey-doğu güney-batı yönünde gelişen ve dolgusuna göre uzun süre kullanıldığı anlaşılan bir sokağın uzunluğu saptandı.
2006 yılı kazılarının ağırlığını ise, 2001-2002 yıllarında incelenen ocakların, batıya ve kuzeye doğru genişletilmesi şeklinde oluşturulmuştur. Bu yolla, 1999-2002 açmalarının bağlantısının sağlanması amaçlanmıştır. XLIX-LIII/111-115- nolu plankarelere rastlayan bu alanda 43X45 m lik bir açmada yerleşim planı incelenmiştir. Bu kazılarda, doğu-batı ve kuzeydoğu, güneybatı yönünde zaman zaman çok daralan, zaman zaman meydancıklara açılan bir yol şebekesi ve aralarında yer alan evler açığa çıkarıldı. Karum'un bu geniş I. kat evleri, eski yıllarda bir kısmı açılan duvarlarıyla bağlantı kurularak planlan açıklığa kavuşturuldu. Bu geniş alanın kuzey kesiminde, 2001 yılının önemli Ib yapı katı arşivinin kuzeyinde, kısmen açılan bir yapının, batıya doğru 48 m. uzunluğa erişen kısımları gün ışığına çıkarıldı. Kaim duvarlı ve yalnız temelleri korunmuş bu yapının, yalnızca batı ucunda, kalın kireç (horasan?) sıvalı tabanına açılmış dikdörtgen planlı sarnıç "sıralık" olarak nitelendirildi. Bulunan cam ve terra sıgilala kırıkları yapının Roma Çağma ait olduğunu açıklığa kavuşturmuştur. Büyük bölümünün yalnızca temellerinden izlediğimiz bu anıtsal yapı, Karum'da 2005 yılında açığa çıkartılan Roma yapısını yalnızlıktan kurtarmıştır. Bu yapının mekan boşluklarına inildiğinde I. kat yapılarının bu yönde de yayılmaya devam ettiği gözlenmiştir ve bu yapıların duvarları, tabanları ve tabanlar üstündeki eserleri gün ışığına çıkartıldı.
2006 yılı Kültepe kazılarında açığa çıkartılan şehir dokusu ve bunlara bağlı olarak ele geçen küçük eserler, bu büyük Önasya merkezine yakışır niteliktedir. İncelenen yerleşim yeri gömülerinde 6 adet küp veya kırıkları ile örtülü mezar ile 1 adet sandık mezar ve bunlara ait ölü hediyeleri ele geçirilmiştir.
2006 yılında gerçekleştirilen arkeolojik kazılarında açığa çıkartılan mimari buluntular, ilk kez model helikopter yardımıyla belgelenmiştir
25.9.2006 tarihinde tamamlanan 2006 yılı Kültepe-Kaniş/Karum kazılarında ele geçen 219 adet envanterlik eser ile 34 adet etütlük eserden 15 tanesi çivi yazılı belgedir. Bu eserler Kayseri Arkeoloji Müzesine teslim edilmiştir
